โรงเรียนแม่ลานวิทยาได้รับการก่อตั้งตามประกาศกรมสามัญศึกษา ลงวันที่ 28 มีนาคม 2520 เรื่องการจัดตั้งโรงเรียนรัฐบาลซึ่งเมื่อกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศให้จังหวัดปัตตานีจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาเพิ่มขึ้นในอำเภอโคกโพธิ์ ณ ตำบลแม่ลาน ดังนั้นสภาตำบลพร้อมประชาชน ตำบลแม่ลานได้ลงมติเห็นชอบให้ใช้ที่ดินราชพัสดุ ในหมู่ที่ 4 ตำบลแม่ลาน ซึ่งได้ขอถอนสภาพมาให้โรงเรียนแม่ลานวิทยา จำนวน 118 ไร่  และต่อมา ตำบลได้ตัดถนนทิศตะวันออก จึงทำให้เนื้อที่ของโรงเรียนเหลืออยู่ 114 ไร่  

และประชาชนได้ร่วมกันสร้างอาคารเรียนหลังแรกขึ้น โดยสร้างเป็นอาคารเรียนไม้ฝาไม้ไผ่ หลังคามุงจาก ขนาด 3 ห้องเรียน และเปิดรับสมัครนักเรียนเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2520 มีจำนวนทั้งสิ้น  65  คน  โดยมีนายชัยศักดิ์ จิตต์ภักดี  เป็นผู้บริหารโรงเรียนคนแรก

                สำหรับด้านการเดินทางติดต่อกับโรงเรียน ใช้ถนนลูกรังอยู่ห่างจากถนนเพชรเกษม โดยแยกที่บ้านชมพู่ ตำบลปากหล่อ อำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี ระยะทาง 8 กม. และปัจจุบัน ( พ.ศ.2527) ได้ราดยางเรียบร้อยแล้ว ตัวโรงเรียนห่างจากสถานีรถไฟครองทรายประมาณ 4  กม.

                วันที่ 22 กันยายน 2536 สมเด็จพระเทพพระรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี ได้ทรงมีพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เสด็จพระราชดำเนินทรงเยี่ยมชมโรงเรียนแม่ลานวิทยา เป็นการส่วนพระองค์ พระองค์ได้ทรงทราบข้อมูลเบื้องต้นของโรงเรียนแม่ลานอวิทยา จากการรายงานของนายนริศ ฤทธาภิรมย์ (อาจารย์ใหญ่โรงเรียนแม่ล่นวิทยาขณะนั้น) ว่าโรงเรียนแม่ลานวิทยายังมีพื้นที่ว่างเปล่าที่มิได้ทำประโยชน์ใดๆประมาณ 70ไร่ บริเวณด้านหลังของโรงเรียน

                สมเด็จพระเทพพระรัตนราชสุดาฯ ทรงมีพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดโครงการเกษตรผสมผสานขึ้นในพื้นที่ว่างดังกล่าว ตั้งแต่เดือนตุลาคม 2536 เป็นต้นมา โรงเรียนแม่ลานวิทยาได้ดำเนินโครงการเกษตรผสมผสานตามแนวพระราชดำริฯขึ้น โดยได้รับความร่วมมือจากหน่วยงานของรัฐและเอกชน ในการพิจารณาจัดทำโครงการตามแนวพระราชดำริฯ และดำเนินโครงการอย่างต่อเนื่อง

                วันที่  1 ตุลาคม 2537 สมเด็จพระเทพพระรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงมีพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เสด็จพระราชดำเนินทรงเยี่ยมชมความก้าวหน้าของโครงการฯ ณ บริเวณแปลงเกษตรผสมผสาน พระองค์ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทุกบริษัท ทรงรับฟังการถวายรายงานของประธานบริษัท
ทุกบริษัทและทอดพระเนตร   ผลผลิตด้วยความสนพระทัยยิ่ง
โรงเรียนได้ดำเนินโครงการผสมผสานตามแนวพระราชดำริฯ ในรูปบริษัทจำลองตามแนวทางการส่งเสริมอาชีพอิสระเพื่อการมีรายได้ระหว่างเรียน( ส.อ.ร. )มาถึงปัจจุบัน

                ปี พ.ศ. 2538 โรงเรียนแม่ลานวิทยาได้ฐานะเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำอำเภอแม่ลาน ให้บริการในพื้นที่ 3 ตำบล คือ ตำบลแม่ลาน ตำบลม่วงเตี้ยและตำบลป่าไร่ มีโรงเรียนสังกัดสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอแม่ลานจำนวน 11 โรงเรียน

                ปี พ.ศ. 2540 โรงเรียนได้รับคัดเลือกจากจังหวัดให้เป็นโรงเรียนในโครงการโรงเรียนเพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตและสังคม (รพชส.)

                ปี พ.ศ. 2541 โรงเรียนได้เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.4) สายวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์ เป็นปีแรก มีนักเรียนจำนวน 27 คน

                เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2546 ได้มีพระราชบัญญัติยกเลิกกระทรวงศึกษาธิการเดิม และจัดตั้งกระทรวงศึกษาธิการใหม่ เป็นผลให้โรงเรียนเปลี่ยนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษา
ขั้นพื้นฐานและมีฐานะเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายเฉพาะ

                ปี พ.ศ. 2546 โรงเรียนเริ่มใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานเป็นปีแรก จัดการเรียนการสอนในช่วงชั้นที่  3 และช่วงชั้นที่ 4  และได้รับการคัดเลือกจากประชาชนในอำเภอแม่ลานให้เข้าร่วมโครงการหนึ่งอำเภอหนึ่งโรงเรียนในฝัน

                ปัจจุบัน พ.ศ. 2552 โรงเรียนแม่ลานวิทยามีนักเรียนทั้งสิ้น 178  คน เป็นนักเรียนชาย 109  คนและนักเรียนหญิง 69  คน นักเรียนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ  คิดเป็นร้อยละ 97 %  มีครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 21  คน  มีครูจำนวน  15 พนักงานราชการ 3 คน วิทยากรสอนศาสนา 1 คน วิทยากรท้องถิ่น 1 คน และลูกจ้างชั่วคราว 1 คน
                ปี พ.ศ. 2553 โรงเรียนแม่ลานวิทยามีนักเรียนทั้งสิ้น 219  คน เป็นนักเรียนชาย 138  คน และนักเรียนหญิง 81  คน นักเรียนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ  คิดเป็นร้อยละ 97 %  มีครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 25 คน มีครูจำนวน 15 คน พนักงานราชการ 3 คน ครูอัตราจ้าง 2 คน วิทยากรสอนศาสนา 1 คน ครูพี้เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน และลูกจ้างชั่วคราว 3  คน

               ปี พ.ศ. 2554 โรงเรียนแม่ลานวิทยามีนักเรียนทั้งสิ้น 222 คน เป็นนักเรียนชาย 132 คนและนักเรียนหญิง 90 คน นักเรียนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คิดเป็นร้อยละ 97 % มีครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 25 คน มีครูจำนวน 15 คน พนักงานราชการ 3 คน ครูอัตราจ้าง 2 คน

วิทยากรสอนศาสนา 1 คน ครูพี้เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน และลูกจ้างชั่วคราว 3 คน

               ปี พ.ศ. 2555 โรงเรียนแม่ลานวิทยามีนักเรียนทั้งสิ้น 196 คน เป็นนักเรียนชาย 132 คนและนักเรียนหญิง 64 คน นักเรียนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คิดเป็นร้อยละ 97 % มีครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 25 คน มีครูจำนวน 15 คน พนักงานราชการ 3 คน ครูอัตราจ้าง 2 คน

วิทยากรสอนศาสนา 1 คน ครูพี้เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน และลูกจ้างชั่วคราว 3 คน

               ปัจจุบัน ปี พ.ศ. 2556 โรงเรียนแม่ลานวิทยามีนักเรียนทั้งสิ้น 219 คน เป็นนักเรียนชาย 144 คนและนักเรียนหญิง 75 คน นักเรียนส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คิดเป็นร้อยละ 97 % มีครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 25 คน มีครูจำนวน 14 คน พนักงานราชการ 3 คน ครูอัตราจ้าง 2 คน

วิทยากรสอนศาสนา 1 คน ครูพี้เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน เจ้าหน้าที่ธุรการ 1 คน และลูกจ้างชั่วคราว 3 คน